日本医科大学附属医院（日文名：日本医科大学付属病院），是日本第一个救命救急中心，成立了救急医疗中心。创建于1910年，明治43年，位于東京都文京区千駄木1-1-5，拥有899张床位，职员2271名。
日本医科大学附属医院是学校法人日本医科大学的大学附属病院。该医院包括高度救命救急中心、集中治疗室、中央手术部等，另外还配置有外科系重症病床、内科系重症病床，在日本也是屈指可数的大学病院（特定机能病院）。另外，平成20年2月8日，被厚生劳动省指定为癌症治疗据点医院,，针对癌症的化学治疗法、放射线治疗法、缓和保养、负债调整咨询机构的建议实施和支援等，作为地区的中心医院开设关于癌症活动。该医院各诊疗部门拥有众多医学界的权威及新兴学者，并致力于以尖端医疗设备和技术,提供更高端的医疗服务。
不仅进行最尖端的高度先进医疗,而且对多样化及复杂化的一般的内科疾病患者做出正确的判断，并进行着与个人特点相符合的治疗。
在循环器官内科对缺血性心疾病、心律失常、心力衰竭,大动脉疾病、末梢动脉疾病、糖尿病等有相应的专家进行治疗,能对应所有心脏病治疗。
2、神经内科
脑梗塞，脑出血等脑血管障碍、帕金森病，脊髓小脑变性症，多发性硬化症等脱髓疾病、髓膜炎等神经系感染症、多发筋炎。重症筋无力症等的筋疾病、奥滋海默综合症等有认知障碍的疾病、头痛或发麻等神经疾病的整体诊疗。特别注重脑梗塞的早期诊断治疗，每年接受300病例以上的脑梗塞患者住院治疗。另外,对脑中风治疗有脑中风专门队伍 (Stroke Care Unit: SCU)、脑中风专职医生进行治疗,并对3小时以内的早期脑梗塞病例使用溶解血栓疗法 (t-PA)。
3、肾脏内科
急性・慢性肾衰、高血压、糖尿病性肾症、慢性系球体肾炎，ネフローゼ炎、胶质原的肾脏障碍、遗传性肾脏疾病、水电解质异常等内科肾脏疾患的整体进行诊疗。特别是, 提倡慢性肾脏病（CKD）新概念,注重CKD对策。另外,积极采用先天性代谢疾病ファブリー病”的酶补充疗法。另外,肾疾病以外的各种各样的疾病，积极采用血浆交换在内的各种血液净化疗法。
4、血液内科
急性白血病、恶性淋巴肿等的造血器恶性肿瘤的化学疗法有相当多的治疗病例,取得良好的治疗效果。另外,判断病人治疗适应能力以后，积极采用末梢血干细胞移植，骨髓移植等造血干细胞移植。对重症较多的免疫力的抑制疗法,取得了良好的成绩,除此之外,还有各种贫血症的治疗,血小板总数减少症等出血性疾病的治疗。该设施骨髓银行,脐血移植认定的设施及骨髓采集设施,也是造血干细胞移植脐血移植为中心,血缘、非血缘者之间约20年移植形势。另外,也对应着造血干细胞的移植。該科血液疾病——骨髓异形成症候群(mbs)的出色的治疗、研究设施、国际MDS财团*的认定(centers of excellence(COE)for MOS在日本的5个设施)。
5、消化器 肝脏内科
日本消化器内视镜诊断。创始治疗学的常岡健校长就任后，68年 领先实行推广息肉切除术，对消化器方面的进步做出了很大的贡献。因为给内诊镜中心的专职医生都配置了， 一年间 对超过150例重症消化管出血患者 做出了迅速的对应措施。使用高清晰度的食道测定器，可以诊断主要咽下困难的食道运动机能异常，对食道アカラシア和贲门扩张也可以积极的实施。对于胃癌来说也可以实施一次切除术。对于螺旋体菌感染，除菌治疗也积极引进，对于除菌失败事例，二次除菌也达到80%。
6、糖尿病内分泌代谢内科
糖尿病、脂肪异常症胖（高脂血症)、高血压症、肥胖症等生活习惯病，间脑，下垂体疾病、甲状腺疾病、副腎疾病和电解质的异常等，以内分泌代谢疾病为对象进行治疗。以甲状腺肿瘤和原发性醛甾酮增多症为代表的副腎疾病等， 内分泌外科、脑神经外科以及放射线科的合作的基础上，副腎静脉抽样检查等适当检查诊断，对于必要的做手术（1年间40 ~ 60例）或者决定用内服治疗的方法。伴随着多发合并症的糖尿病和1型糖尿病的诊疗，特殊病态的糖尿病的诊疗，还有原发性高血脂病的诊断和治疗,把这些作为重点，美国的一流设备也毫不逊色。
诊疗的对象以肺癌为中心治疗，恶性胸膜中皮肿，胸腺癌等在内的呼吸器官领域恶性肿瘤患者，也对于屡次诊断和治疗原发不明癌的。对于胃癌、大肠癌、肝脏癌和乳腺癌等固体癌症的患者，和本院的消化外科和乳腺科等合作，作为附属医院进行专业的诊疗。临床经验丰富的癌症专家医生(日本癌症认定医机构、日本临床肿瘤学会、日本癌症治疗学会认定的专家医生、指导医生/教育医生、临床试验登记医)担当诊疗。加上X线CT检查、MRI检查、PET检查、验痰检查、胸水穿刺检查、器官支镜检查等的内科检查，还有外科的胸腔镜检查和放射线科的CT肺活组织检查等，肿瘤性疾病的诊断也在迅速进行。
放射线治疗对于癌症患者，很多的情况下是有用的。在本科，实行外部照射和小腺源治疗。为了根除病灶，把放射线集中在受伤部，为了将副作用降到最低对脏器进行保护。这是最新的画面情报的治疗计划和周密的治疗机器的管理、操作能够实现的。可以和化学疗法一起用。早期乳房癌患者选择乳房保存疗法的时候，对没有患癌症的地方使用放射线照射对于预防再次发生，会有很大的帮助。为了减轻癌症的各种痛苦，放射线治疗是很有帮助的。骨头转移的疼痛，大脑转移的神经症状，淋巴节肿产生的压迫症状等，和其他缓和疗法一起使用也是有效果的。本院对瘢痕疙瘩苦恼的病者也可以治疗，虽然不是恶性肿瘤，放射线治疗仍然有效。是和整形外科合作，给在美容、精神、体力方面感觉苦恼的患者进行放射性治疗为数不多的医院。
9 、消化器外科
治疗 食道、胃、小肠、大肠、直肠、肛门、肝、胆、胰、脾等的科室、疾病以急性腹病为代表，都是从腹部疼痛开始然后到消化器官恶性肿瘤，这样的手术件数一年超过了1000例。本科是拥有日本外科学会、日本消化系统外科学会、日本消化系统病学会、日本消化器官内视镜学会的专业医生、指导医生等很多的一个科室。无论是在哪个领域，也是日本的最高水平的高质量的医疗。内视镜外科手术也投入了各种各样的疾病的治疗，为了给患者好的治疗和好的生活质量，手术后尽快的回归到社会，一直在努力。
10 、内分泌外科
作为拥有最新的医疗设备和特别指定的医院来说，对甲状腺、副甲状腺（表皮）副肾、乳腺疾病的诊断和治疗进行研究。特别是甲状腺、副甲状腺疾病问题在1998年3月首先进入国内外，重视美容和QOL的低损伤的内视镜手术，成功地开发出了。对于颈部无创伤的内视镜手术到目前为止已经超过380例，国内外也很多所以受到了高度评价。因此包括日本在内的各国参观者们也络绎不绝。对于甲状腺癌来说，手术后的成绩非常好，成功率(10年存活率)超过90％。副甲状腺疾病是以原发性副甲状腺（表皮）功能亢进症（肿瘤）、透析病人、连续多发副甲状腺功能亢进症为对象,在颈部前面 使用 没有手术创伤的内视镜手术和最新的手术设备对 颈部切开2 - 3厘米的小口，这样的手术 既能缩短时间，在美容方面也有好处。
11、脑神经外科
日本医科大学脑神经外科于1964年日本把最初普及外科的近藤次繁医生的儿子近藤骏四郎教授作为第一代传统的脑神经外科。第2代中泽教授，第3代寺本教授的基本实现发展达到现在。脑瘤，脊椎，以血管障碍为中心进行治疗，特下垂体部的肿瘤在日本最进行多的治疗的是大学医疗机构。其他脑血管障碍，颅底肿瘤，脊髓肿瘤，脸痉挛和三叉神经痛等诊疗积极进行。
12、心脏血管外科
日本医科大学附属医院心脏血管外科手术是庄司佑名誉教授自1972年开始进行的已经近40年的历史。至今已经进行有8000例子以上心脏大血管手术。该专业的特征是通过循环器内科手术委托的冠状动脉旁道策略在心率动下的off-pump CABG进行的，瓣膜症合并的心房细微动的外科治疗也是全国能力水平，起搏器和植型除细微动容器的树丛和心力衰竭治疗的心脏再同期两室ペーシング等设备的植入病例在我国也屈指可数的病例数，也有对小儿川崎病冠状动脉瘤乳幼儿期的孩子外科治疗等。
13、呼吸器外科
为呼吸器（肺•支气管）纵隔，胸墙有症状和异常者进行着诊疗。进行以核性肺癌为中心转移性肺肿瘤，良性肺肿瘤，纵隔疾病(胸腺)，胸墙疾病（胸膜中皮肿），自然气胸等诊断和治疗(手术)。在诊断方面通过并用3D-CT，PET等最新图像机器和最尖端的支气管镜子检查系统致力着于肺癌的早期发现，正确的病期诊断。还有，在治疗方面使用クリニカルパス，安全第一是与护士和药剂师等成员的联同时诊疗。日本医科大学关联医院平均每年手术总数上为700例以上。早期癌间的进行是使用胸腔镜子的微创手术，对进行癌进行扩大手术组合化学疗法，射线疗法，分子靶子治疗等的集学的治疗。还有，在对支气管的早期癌的荧光内窥镜，激光治疗和对进行癌的呼吸道狭窄的ステント治疗居国内的前导地位，在全世界也保持着最高水平的治疗成绩。
14、综合诊疗中心（综合诊疗费•一般内科、救急诊疗费）
综合诊疗中心，是在被复杂专业分化的大学医院，对患者来说提供易懂，明确的诊疗的设施。主要通过与专业各科紧密联合的同时，为每个患者进行做出最完善的医疗为目标。本中心的综合诊疗科•普通内科，以患者全面性•综合治疗为目的，主要是对自身在特定诊疗科上困难不知道到该在哪科就诊的患者、有多种病患者为中心进行诊疗。
根据举行的日本癌对策中被制定的地域癌诊疗联合据点日本医科大学附属医院被指定，2008年4月1日开始了活动。该院，癌诊疗中心在任务时，通过内科系诊疗科，外科系诊疗科，放射诊疗科，缓和护理科等专业医生，药剂师, 护士，从事社会福利工作人员，事务职员们用经验综合性的观点与最好的诊疗地域诊疗机关组织联合专心致力。
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