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日本国立感染症研究所成立于1947年，战后的日本卫生情况极度恶化，各种感染症频发，特别是结核性病寄生虫病极为严重。厚生省于1947年5月成立了直属预防卫生研究所及东京大学传染病研究所，分研究检测试验等三部分，1978年4月在筑波大学设立了灵长类研究所。1985年4月增加了HIV研究中心，1992年7月成立了国力预防卫生研究所国立健康营养研究所。
日本国立感染症研究所研究目的是预防感染，保证国民健康。研究领域包括五个部分。
一感染症的基础应用研究。二感染症方面的关联业务确保感染症的检查制度，如食品卫生的检查，寄生动物病原微生物及产物。三感染情报交流。四生物制剂抗生物制的质量管理及国家检定。五国际合作。
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